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  Banco de Dados Ferramentas: MeganDB: MEtaGenome ANalyzer DataBase


MeganDB, um banco de dados metagenômico especificamente para análise de dados do programa MEGAN...
 
 
  Postado por kishi em Quinta, janeiro 12 @ 23:00:00 CST (521 vizualização(ões))
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  Bioinformática Ferramentas: Bambus 2: scaffolding metagenomes


Anonymous enviou "
O Bambus 2 foi desenvolvido para resolver alguns dos desafios encontrados ao analisar metagenomas.

Esta abordagem se baseia em uma combinação de um novo método para detectar repetição genômica e algoritmos que analisam grafos de montagem para identificar variantes genômicas biologicamente significativas.
"
 
 
  Postado por cantao em Sábado, outubro 22 @ 00:00:00 CDT (380 vizualização(ões))
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  Bioinformática Ferramentas: Ferramentas para análises de dados de NGS


Anonymous enviou "Site contendo diversas ferramentas para análises de Genomas, Pseudogenes, Network, Evolução, Genoma Estrutural, Biologia Estrutural, entre outros....




"
 
 
  Postado por kishi em Quinta, julho 28 @ 08:39:04 CDT (444 vizualização(ões))
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  Bioinformática Ferramentas: Análise da qualidade de dados NGS


Rommel enviou "
Lançada recentemente uma ferramenta para análise da qualidade de dados de sequenciadores NGS (SOLiD, Illumina, ou outro que gere leituras de tamanho fixo).

O programa tem sido útil, pois além de filtrar as leituras baseado na qualidade Phred (média ou mediana), ele gera gráficos que ajudam a observar a qualidade dos dados.

"
 
 
  Postado por cantao em Terça, maio 17 @ 00:00:00 CDT (779 vizualização(ões))
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  Bioinformática Ferramentas: Mapeando sequencias de genoma na placa de vídeo


O programa Saruman (Semiglobal Alignment of short Reads Using CUDA and NeedleMAN-Wunsch), utiliza uma abordagem de mapeamento de reads contra genomas de referência usando processamento paralelo na placa de vídeo por meio da linguagem CUDA.

Com o processamento na GPU, o programa foi capaz de alinhar reads contra genomas microbianos em tempo comparável ou até mais rápido do que todas as abordagens publicadas até o momento.
 
 
  Postado por cantao em Domingo, maio 08 @ 00:00:00 CDT (673 vizualização(ões))
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  Biologia Molecular Ferramentas: SplamiR—predição de miRNAs em plantas


MicroRNAs (miRNAs)  são importantes reguladores dos processos biológicos em plantas e animais. Recentemente, genes miRNA foram descobertos, eventos de "spliced" são difíceis de serem previstos diretamente da seqüência do genoma. Assim, os programas mais sofisticados para a detecção de miRNAs são essenciais.
 
 
  Postado por kishi em Quinta, abril 28 @ 13:42:53 CDT (682 vizualização(ões))
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  Bioinformática Ferramentas: ZORRO: Solução para montagem híbrida de genomas


A nova ferramenta une sequências oriundas de outros programas como  Newbler para reads de 454 e Velvet usado para reads  solexa.     

O programa de desenvolvimento do Zorro atualmente é mantido pelos pesquisadores Gustavo Lacerda, Ramon Vidal and Marcelo Carazzole, membros da equipe de Bioinformática do Laboratório de Genômica e Expressão da Unicamp.
 
 
  Postado por rodrigo em Quarta, abril 13 @ 18:13:15 CDT (553 vizualização(ões))
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  Filogenia Ferramentas: Nova versão do MEGA para análises filogenéticas



Lançada  versão 5 do software gratuito de análise filogenética: MEGA.
 
 
  Postado por rodrigo em Quarta, fevereiro 02 @ 06:00:00 CST (1788 vizualização(ões))
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  Bioinformática Ferramentas: SAMMate: uma ferramenta grafica para visualizar short reads


Anonymous enviou "
A tecnologia de Sequenciamento de Nova Geração (NGS - Next Generation Sequencing) gera dezenas de milhões de sequencias (reads) curtas para cada amostra de DNA ou RNA.

Um passo fundamental na análise de dados de NGS é o alinhamento dos reads a um genoma de referência.  Embora armazenar a informação do alinhamento no formato SAM (Sequence Alignment/Map) ou binário BAM (Binary Alignment/Map) tornou-se padrão, os pesquisadores ainda têm dificuldade em acessar essas informações.

"
 
 
  Postado por cantao em Terça, janeiro 18 @ 23:00:00 CST (569 vizualização(ões))
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  Bioinformática Ferramentas: SPHINX— Algoritmo de classificacao taxonomica para sequencias metagenomicas


Comparado com os algoritmos de classificação (binning) baseado em composição, a precisão da classificação e especificidade de algoritmos baseado em alinhamento é significativamente maior. 

No entanto, sendo baseado em alinhamento, esses algoritmos requerem uma quantidade enorme de tempo e recursos computacionais para classificar enormes conjuntos de dados metagenômicos. 

A motivação foi desenvolver uma abordagem de classificação que pode analisar conjuntos de dados metagenômicos tão rapidamente quanto as abordagens baseados  em composição, mas mesmo assim tendo a precisão e especificidade dos algoritmos baseados em alinhamento.

 
 
  Postado por cantao em Quinta, dezembro 23 @ 23:00:00 CST (708 vizualização(ões))
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