Este artigo endereça ao problema da análise taxonomica de sequencias pareadas (paired reads). 

O artigo descreve uma nova caracteristica da ferramenta de análise metagenomica MEGAN que permite processar sequencias paredas e fazer assinaturas baseada em pontuação combinada nas sequencias de referência.   

Usando este novo programa em um estudo de simulação, o artigo investiga o uso de sequenciamento pareado (paired reads) Illumina em análises taxonomicas e compara desempenho de sequencias simples (single reads), clones curtos e clones longos.Em adição foi comparado contra corridas simuladas de  sequenciamento 454 Roche.   

Metagenomica é o estudo de amostras ambientais usando sequenciamento. O rápido avanço das tecnologias de sequenciamento estão proporcionando um vasto aumento do número e escopo de projeto metagenomicos.

A maioria dos projetos metagenomicos tem sido baseados no método de Sanger ou no sequenciamento 454 da Roche pois estas tecnologias fornecem sequencias longas o suficiente, enquanto sequenciamento Illumina não tem sido considerado adequado para estudos metagenomicos. devido ao curto comprimento de sequências de 35 pares de bases.  

 Entretanto, agora que estas sequências já atingem  75 bp de comprimento e podem ser sequenciados em pares (paired reads), o sequenciamento Illumina tornou-se uma opção viável para estudos metagenomicos. 

O objetivo desse estudo é avaliar se sequencias curtas podem ser usadas em projetos metagenomicos ou não, além de avaliar sua eficiencia quando comparado as sequencias longas.

Conclusão 

Este trabalhou exibiu que sequencias pareadas (paired reads) são melhores do que sequencias simples (single reads), mas também , talvez levemente menos obvios do que clones longos  que permitem assinaturas mais específicas do que as sequências curtas. A nova versão do programa MEGAN é capaz de usar reads pareados em estudos metagenomicos e já está disponível para download.